Posteriormente se produjo un cambio en la estructura y dirección denominándose Coro Amadeus de la Universidad de Huelva, y se abrió a otras personas fuera del ámbito universitario. Fue dirigido durante tres años por Dª Mª Angeles Cardona.
En el año 2005 se hace cargo de la dirección D. Narciso Perera, y deja de denominarse Coro Amadeus para llamarse como se conoce hoy en día, Coro de la Universidad de Huelva.
Desde el curso académico 2007-2008 hasta Diciembre de 2011 ha estado al frente de la dirección, D. Luis Carlos Martin, profesor del Departamento de Música.
Desde el año 2011 al 2015 se hace cargo del coro el maestro de D. Juan Manuel Barahona.
A parte de los actos académicos propios de lesta formación, hay que destacar su intervención en los Conciertos Participativos de "El Mesías" de Haendel, organizados por la Obra Social de La Caixa desde 2008, así como diversos encuentros corales, conciertos benéficos, la "Misa en DoM" de Mozart junto con la Orquesta del Conservatorio Profesional Cristóbal de Morales y la Camerata Vocal Concertante, o su participación en la zarzuela "La Dolorosa" con diferents números de la lírica española, junto a la compañía Ópera Sur.
Organiza Encuentros Corales bianuales para dar a conocer a la ciudad de Huelva, otras formaciones que trabajan en el ámbito coral, pertenecientes a la geografía española.
Desde Noviembre de 2015 el coro se encuentra bajo la dirección musical de D. Sergio Lazo Tenorio.
El Coro de la Universidad de Huelva se crea a finales de los años 90. El germen fue un coro que se formó gracias a la iniciativa de D. José Mendoza en la Facultad de Educación, con alumnos de Magisterio de la especialidad de Educación Musical y algunos profesores.
Mas tarde este coro, que había actuado en diversos actos institucionales de la Universidad, se constituyó en Coro de la Universidad.